Materiali

Selezione di software, applicativi, materiali downlodabili GRATUITI riguardanti la chimica, linkati e commentati.

 

pKa / costanti di dissociazione acida
documento estensivo con migliaia di costanti di dissociazioni acide per molecole inorganiche ed organiche, in acqua e DMSO

Risolutore di equazioni lineari
Foglio di lavoro in Microsoft Excel per l’individuazione delle radici di equazioni lineari, pensato per le applicazioni di calcolo in stechiometria

Convertitore di unità di misura di Pressione Convertitore dei valori numerici di pressione fra: bar, atmosfere, mmHg o Torr, Pascal o N/mq, psi
ChemSpider risorsa online per la ricerca di strutture e proprietà a partire dal nome di una molecola

ACD / ChemSketch software gratuito per il disegno avanzato di strutture molecolari ed altro

TPE / Tavola Periodica degli Elementi tavola periodica online, interattiva, in lingua italiana

Visualizzatore interattivo degli orbitali elettronici (funzioni d’onda) dell’atomo di idrogeno

Applicazioni per Apple i-Phone una selezione di applicativi di chimica, tutti gratuiti, da scaricare tramite i-Tunes per poter essere usati sul tuo i-POD touch o i-Phone

DRAGON / Software per il calcolo descrittori molecolari 3224 descrittori molecolari per applicazioni QSAR e studi di similarità fra molecole

Sigma-Aldrich / schede di sicurezza per prodotti chimici portale commerciale con info applicative, articoli scientifici, accessibilità di acquisto di reagenti e standard

 

pka / costanti di dissociazione acida

Documento estensivo con migliaia di costanti di dissociazioni acide per molecole inorganiche ed organiche, in acqua e DMSO

37 pagine contenti migliaia di dati misurati sperimentalmente ed accompagnati dalle relative referenze bibliografiche.

I valori di pKa sono espressi in soluzione acquosa e/o in soluzione di dimetilsolfossido (DMSO), specie per le molecole meno idrosolubili.

Sono di seguito elencate le classi chimiche maggiormente rappresentate nel documento:

• Inorganici: ossiacidi, idracidi, acidi azotati, ossidi, idrossidi, idruri

• Acidi carbossilici in genere: acidi derivanti dall’acetico sostituito, mono-, di- e policarbossilici, insaturi, aromatici, alogenati;

• Aminoacidi ed oligopeptidi;

• Fenoli e loro derivati; • Alcoli e loro derivati, tioli;

• Composti azotati: amine primarie, secondarie, e terziarie, amine alogenate, imine, nitrocomposti, aniline e naftilamine, piridin-ossidi, idrazoni, semicarbazoni, ossime, ecc;

• Eterocicli mono- e policondensati, anche sostituiti;

• Fosfati, fosfonati, acidi arilfonsonici;

• Acidità dei CH in idrocarburi, composti carbonilici, nitrili, eteroaromatici, molecole con S o altri eternatomi sostituenti del C;

• Molecole per area di interesse: basi azotate degli acidi nucleici, indicatori, alcaloidi naturali, solventi

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Risolutore di Equazioni

Foglio di lavoro in Microsoft Excel per l’individuazione delle radici di equazioni lineari, pensato per le applicazioni di calcolo in stechiometria.ù

Un applicativo Microsoft Excel appositamente realizzato da Chimicare.org per la risoluzione delle equazioni lineari fino all’8° grado.

L’applicazione risulta particolarmente utile per la risoluzione di diversi calcoli stechiometrici dove si indaga il comportamento di molecole soggette a dissociazioni multiple, ad esempio gli acidi o le basi poliprotici.

E’ sufficiente inserire in un elenco i valori numerici assunti dai coefficienti dei vari termini dell’equazione, anche in formato decimale o scientifico, e l’algoritmo visualizzerà istantaneamente una delle radici (soluzione, ovvero la X) dell’equazione.

I valori numerici possono essere inseriti come interi, decimali o in formato scientifico (con esponente esplicito come da convenzioni Microsoft Excel); il risultato viene fornito sia in formato scientifico (con approssimazione alla 2° cifra decimale) che come valore esteso, fino alla 10° cifra decimale.

L’algoritmo di calcolo utilizzato è quello di Newton-Raphson.

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Convertitore di unità di misura di Pressione Convertitore dei valori numerici di pressione fra: bar, atmosfere, mmHg o Torr, Pascal o N/mq, psi

Una tabella dinamica appositamente realizzata da Chimicare.org su supporto Microsoft Excel per la conversione simultanea dei valori di pressione fra 5 diverse unità di misura: bar, atmosfere, millimetri di mercurio (mmHg o Torr), Pascal (Pa, espresso come N/mq) e psi. Inserendo il valore di pressione originale all’interno di una cella della tabella in corrispondenza dell’unità di misura nella quale è espresso, e premendo Invio, saranno visualizzate le equivalenze della stessa pressione nelle altre 4 unità di misura previste dall’applicativo.

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ChemSpider risorsa online per la ricerca di strutture e proprietà a partire dal nome di una molecola

Si tratta di un motore di ricerca ondine sulla rete internet, ad accesso gratuito e specificamente dedicato alla ricerca dell’informazione chimica.

Inserendo il nome IUPAC o comune nell’apposito form già in testa alla homepage, ChemSpider effettua la ricerca all’interno del suo vastissimo database fornendo struttura molecolare (più di una in caso di ambiguità) visualizzabile a scelta in 2D o in 3D, quest’ultima impugnabile e manipolabile nello spazio tramite il puntatore del mouse.

La ricerca può anche essere effettuata tramite codice CAS, SMILES o InChl.

Associate a ciascuna struttura molecolare, ChemSpider fornisce numerose informazioni numeriche e testuali, riassunte in tabelle o in alcuni casi accessibili tramite link a database caricati nei siti web di altre organizzazioni, la cui tipologia può variare sensibilmente in relazione alla specifica molecola cercata. Fra le più ricorrenti e/o significative informazioni ottenibili si evidenziano:

• Formula empirica

• Peso molecolare • Massa monoisotopica • Nome sistematico (IUPAC)

• Sinonimi • logP “calcolato”

• logD “calcolato” a pH definito

• punto di ebollizione

• entalpia di vaporizzazione

• flash point

• punto di fusione

• polarizzabilità

• metodi di analisi (es. cromatografici)

• pubblicazioni scientifiche pertinenti (solo per utenti ChemSpider registrati)

• classe chimica di appartenenza

• caratteristiche tossicologiche

• brevetti pertinenti

• estratto di trattazione su Wikipedia

ACCEDI AL PORTALE CHEMSPIDER

ACD / ChemSketch software gratuito per il disegno avanzato di strutture molecolari ed altro

Disegno 2D e 3D di molecole inorganiche ed organiche, con l’ausilio di gruppi funzionali pre-caricati e la disponibilità delle più importanti modalità di rappresentazione strutturale; Disegno di reazioni chimiche complete di reagenti, prodotti e condizioni di reazione;

Generazione di nome IUPAC per piccole molecole disegnate dall’utente; Calcolo di alcune proprietà della molecola disegnata (es. peso molecolare, % elementi, indice di rifrazione, densità, tensione superficiale, ecc);

Espansibilità con add-on scaricabili gratuitamente, es. per calcolo logP, il confronto di colonne HPLC, la ricerca della disponibilità di molecole presso i Produttori internazionali, ecc;

Dizionario di molecole importanti, specie nel campo farmaceutico, per ricercare il nome IUPAC o commerciale a partire da una struttura disegnata, o viceversa; Editor di report esportabili anche come .pdf con strutture molecolari e proprietà calcolate; Applicativo per la visualizzazione degli spettri HNMR e CNMR;

Editor per la creazione di nuovi applicativi in ChemBasic;

Piena compatibilità con tutti i software (a pagamento) della suite dello stesso produttore ACD/Labs, riguardanti il databasing di molecole e la chimica analitica Versione 12.0 “free” per utilizzo domestico ed accademico:

COMPILA IL MODULO PER IL DOWLOAD DI CHEMSKETCH 12.0

TPE / Tavola Periodica degli Elementi tavola periodica online, interattiva, in lingua italiana

Ciccando sul simboli di ogni elemento: dati cristallografici, proprietà fisiche, proprietà termiche, energie di ionizzazione, abbondanza dell’elemento in natura, isotopi, potenziali di riduzione standard;

Link ad informazioni descrittive (etimologia del nome, proprietà fisiche, ottenimento, applicazioni, ecc);

Contiene un “termostato” virtuale per verificare ad una temperatura in quale stato fisico (solido/liquido/gas) si trovano i diversi elementi.

ACCEDI ALLA TAVOLA PERIODICA INTERATTIVA ONLINE

Visualizzatore interattivo degli orbitali elettronici (funzioni d’onda) dell’atomo di idrogeno

– applicativo java scaricabile in formato .zip

Un applicativo che finalmente ci mostra con forme dinamiche, colori e “pulsazioni” ciò che di solito ci limitiamo – spesso con molta difficoltà – ad immaginare quando studiamo l’approccio quantistico alla forma degli orbitali atomici più complessi, anche per i caso tipo dell’idrogeno atomico, il cosiddetto orbitale idrogenico.

L’applicativo è fornito corredato di una scheda di istruzioni tradotta in lingua italiana, che ne descrive le numerose funzionalità sia di settaggio che di visualizzazione.

Vedi in Wikipedia la trattazione relativa agli Orbitali atomici e molecolari ed all’atomo di Idrogeno.

DOWNLOAD

Applicazioni per Apple i-Phone una selezione di applicativi di chimica, tutti gratuiti, da scaricare tramite i-Tunes per poter essere usati sul tuo i-POD touch o i-Phone.

Fra le diverse decine di applicativi scientifici messi a disposizione per i dispositivi portatili i-pod (nella versione touch) ed i-phone, entrambe commercilizzati dalla ditta Apple, ho selezionato i seguenti 5 sulla base di due criteri:

(1) il fatto che siano specificatamente chimici;

(2) il fatto che siano completamente gratuiti.

E’ sufficiente infatti disporre di iTunes, il software proprietario Apple per effettuare il download di questi applicativi e quindi il loro caricamento sui dispositivi i-pod/i-phone o, nel caso in cui questi possano accedere alla rete internet, come nel caso del secondo, effettuare il download direttamente dall’apparecchio portatile.

ACCEDI ALLE SPECIFICHE ED AI LINK PER I SINGOLI APPLICATIVI

Segnalo per altro che sono disponibili talvolta con costo davvero minimale, ovvero inferiore ad 1 euro, software di chimica particolarmente avvincenti, come ad esempio editor di strutture organiche 3D, ma caso per caso sarebbe anche opportuno domandarsi quale possa essere l’utilità, se non dimostrativa, di portarsi appresso una versione minimale e spesso difficile da gestire di applicazioni comodamente disponibili sul desktop di qualsiasi PC, spesso in modo gratuito.

DRAGON / Software per il calcolo descrittori molecolari 3224 descrittori molecolari per applicazioni QSAR e studi di similarità fra molecole .

Uno dei migliori software nel suo genere disponibili sul mercato, disponibile anche in forma semplificata e gratuita, messo a punto da Milano Chemiometrics, spinoff dell’Università di Milano, e commercializzato dalla Talate srl.

Per una introduzione all’argomento dei descrittori molecolari per applicazioni molecolari di tipo QSAR e QSPR (acronimi che tradotti significano:

Quantificazione delle Relazioni Struttura-Attività/Proprietà) si consiglia di leggere l’intervento: “come la struttura diventa proprietà: il mondo dei descrittori molecolari

Dragon consente di calcolare 3224 diversi descrittori molecolari, divisi in 22 classi:

  • Constitutional descriptors
  • Topological descriptors
  • Walk and path counts
  • connectivity indices
  • information indices
  • 2D autocorrelations
  • edge adjacency indices
  • BCUT descriptors
  • topological charge indices
  • eigenvalue-based indices
  • randic molecular profiles
  • geometrical descriptors
  • RDF descriptors
  • 3D-MoRSE descriptors
  • WHIM descriptors
  • GETAWAY descriptors
  • functional group counts
  • atom-centred fragments
  • charge descriptors
  • molecular properties
  • 2D binary fingerprints
  • 2D frequency fingerprints

Il software è predisposto per lavorare a batch, ovvero per calcolare anche in unico passaggio tutti i descrittori molecolari selezionati, su un database di molecole introdotto dall’utente: fino a 50 strutture molecolari per la versione Evaluation, 50000 per la versione Professional e Plus, illimitato per la versione Linux.

I formati di database di strutture molecolari accettati in input possono essere 3D o 2D (in questo caso sarà necessario deselezionare da Dragon la richiesta dei descrittori che richiedono una descrizione tridimensionale della molecola): .mol / .ml2 / .mol2 / .sm2 / .sdf / .hin / .smi / .dat / .out L’impiego di Dragon si colloca idealmente all’interno di un flusso di lavoro strutturato a diversi livelli, ciascuno dei quali può essere supportato da un relativo software specialistico, es.

  1. Disegno strutture molecolari: ACD/Labs ChemSketch
  2. Generazione database di strutture 2D: ACD/Labs ChemFolder
  3. Trasformazione di strutture da 2D a 3D e relativa minimizzazione energetico-conformazionale: Wavefunction Spartan
  4. Calcolo dei descrittori molecolari: Talete Dragon
  5. Analisi multivariata per la predizione QSAR/QSPR: Umetrics Simca P+

ACCEDI AL FORM PER RICHIEDERE IL DOWNLOAD Di DRAGON “evaluation version”

Sono disponibili versioni a pagamento per poter lavorare in modalità stand-alone, in modalità background e su piattaforma Linux.

Sigma-Aldrich / portale web informativo e commerciale schede di sicurezza per download, informazioni applicative ed accessibilità d’acquisto per prodotti chimici su piccola scala.

La ditta Sigma-Aldrich è uno dei più importanti produttori e rivenditori a livello mondiale di reagenti, solventi e standard analitici, per laboratorio di ricerca e di controllo, differenziandosi rispetto ai principali competitors per l’ampiezza della gamma di prodotti offerti (diverse migliaia).

Previa registrazione gratuita sul sito web del gruppo Sigma-Aldrich è possibile ricercare reagenti e prodotti chimici secondo diverse modalità (nome comune, nome IUPAC, CAS, formula bruta, formula di struttura tramite un apposito editor). Per ogni risultato di ricerca, sono solitamente disponibili:

• Scheda di sicurezza in lingua italiana, scaricabile in formato .pdf;

• Formula di struttura, denominazioni alternative ed alcune caratteristiche chimico-fisiche;

• Informazioni applicative e bibliografiche;

• Disponibilità commerciale, tagli-confezione e costi d’acquisto.

Per quanti fossero interessati all’acquisto di prodotti chimici, vetrerie, libri o altro materiale, ricordo che l’azienda in questione rivende solo a ditte, enti e professionisti, ovvero a soggetti muniti di regolare partita IVA, quindi non a privati. Per alcuni prodotti chimici inseriti in liste speciali (ragioni tossicologiche, legali, pubblica sicurezza, ecc), in verità in numero via via crescente nel tempo, l’azienda può avvalersi del diritto di esaminare le richieste di acquisto in relazione alla specificità ed alla reputazione dello specifico cliente e/o di richiedere allo stesso una dichiarazione formale sulla destinazione d’uso dettagliata dei prodotti chimici richiesti.

ACCEDI AL PORTALE SIGMA-ALDRICH

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